培養基按其所含成分，可分為合成培養基、天然培養基和半合成培養基三類。
(1)合成培養基。合成培養基的各種成分完全是已知的各種化學物質。這種培養基的化學成分清楚，組成成分精確，重複性強，但價格較貴，而且微生物在這類培養基中生長較慢。如高氏一號合成培養基、察氏（Czapek）培養基等。
(2)天然培養基。由天然物質製成，如蒸熟的馬鈴薯和普通牛肉湯，前者用於培養黴菌，後者用於培養細菌。這類培養基的化學成分很不恒定，也難以確定，但配製方便，營養豐富，所以常被採用。
(3)半合成培養基。在天然有機物的基礎上適當加入已知成分的無機鹽類，或在合成培養基的基礎上添加某些天然成分，如培養黴菌用的馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養基。這類培養基能更有效地滿足微生物對營養物質的需要。
2.按照培養基的物理狀態分
培養基按其物理狀態可分為固體培養基、液體培養基和半固體培養基三類。
(1)固體培養基。是在培養基中加入凝固劑，有瓊脂、明膠、矽膠等。固體培養基常用於微生物分離、鑑定、計數和菌種保存等方面。
(2)液體培養基。液體培養基中不加任何凝固劑。這種培養基的成分均勻，微生物能充分接觸和利用培養基中的養料，適於作生理等研究，由於發酵率高，操作方便，也常用於發酵工業。
(3)半固體培養基。是在液體培養基中加入少量凝固劑而呈半固體狀態。可用於觀察細菌的運動、鑑定菌種和測定噬菌體的效價等方面。
3.按照微生物的種類分
培養基按微生物的種類可分為細菌培養基、放線菌培養基、酵母菌培養基和黴菌培養基等四類。
常用的細菌培養基有營養肉湯和營養瓊脂培養基；常用的放線菌培養基為高氏1號培養基；常用的酵母菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基和麥芽汁培養基；常用的黴菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基、豆芽汁葡萄糖（或蔗糖）瓊脂培養基和察氏培養基等。
4.按照培養基用途分
培養基按其特殊用途可分為加富培養基、選擇性培養基和鑑別培養基。
(1)加富培養基。是在培養基中加入血、血清、動植物組織提取液，用以培養要求比較苛刻的某些微生物。
(2)選擇性培養基。是根據某一種或某一類微生物的特殊營養要求或對一些物理、化學抗性而設計的培養基。利用這種培養基可以將所需要的微生物從混雜的微生物中分離出來。
(3)鑑別培養基。是在培養基中加入某種試劑或化學藥品，使培養後會發生某種變化，從而區別不同類型的微生物。
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